Juan José Larrea es catedrático de Historia Medieval en la Universidad del País Vasco. Se doctoró en la Universidad de Toulouse II–Le Mirail.

Su trabajo se desarrolla sobre dos campos de investigación: la historia social y política de Vasconia y el reino de Pamplona desde finales del imperio hasta la primera edad feudal, y la historia rural del Occidente altomedieval, con especial atención al estudio de los más tempranos archivos carolingios.

Ha dirigido y dirige varias tesis doctorales relacionadas con ambos campos y ha coordinado como IP varios proyectos del Plan Nacional. Es miembro asociado del laboratorio Framespa del CNRS-Université de Toulouse-Jean Jaurès y del Cercle de Travail sur les conditions de production du savoir médiévistique (LaMOP-CNRS), y ha sido investigador visitante en el Institut für Frühmittelalterforschung de la Universidad de Münster.

Entre 2001 y 2004 fue vicerrector de Euskara de la UPV/EHU.